Auf Nano und seine Klassenkameradin Lilly wartet ein aufregendes Abenteuer: Sie müssen Nanos Großvater in einer ungewöhnlichen Rettungsaktion zu Hilfe eilen. Denn der fiese Professor Schlotter hat ihm den ferngesteuerten Miniroboter Gobot in den Körper gepflanzt. Dahinter steckt ein perfider Plan: Nanos Großvater dient als erste Testperson, deren Wille durch den Gobot ausgeschaltet werden soll. So will der Professor Menschen steuern wie Marionetten und schon bald die Weltherrschaft an sich reißen.

Jetzt kann nur noch Dr. X helfen: Durch ein raffiniertes Verfahren und die Unterstützung seiner Freunde Micro Minitec und Rappel, einem sprechenden, rosafarbenen Kaninchen, werden Nano und Lilly so klein geschrumpft, dass sie samt winzigem Raumschiff auf eine medizinische Mission durch das Innere des menschlichen Körpers geschickt werden können. Neben bösen Killerzellen und dem Gobot arbeitet auch die Zeit gegen sie, denn der Sauerstoffvorrat ihres Raumschiffes ist begrenzt. Und auch Professor Schlotter und sein Gehilfe Serge geben sich noch lange nicht geschlagen!